Hiện nay có người nhầm lẫn Phân hiệu Trường Đại học Giao thông Vận tải tại TP. Hồ Chí Minh với Trường Đại học Giao thông Vận tải Thành phố Hồ Chí Minh vì hai trường cùng tọa lạc tại thành phố này. Trong thực tế thì đây là hai trường hoàn toàn khác nhau. Phân hiệu Trường Đại học Giao thông Vận tải tại TP. Hồ Chí Minh là trường trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo, được thành lập năm 1990, đóng tại quận 9. Trong khi đó Trường Đại học Giao thông Vận tải Thành phố Hồ Chí Minh là trường trực thuộc Bộ Giao thông Vận tải, thành lập năm 2001 từ Phân hiệu Trường Đại học Hàng Hải, đóng tại quận Bình Thạnh.